白塞病的病因目前尚未完全明确，可能与遗传因素、感染因素以及免疫异常等多种因素有关。遗传因素方面，研究发现白塞病具有一定的遗传易感性，某些基因的突变可能会增加患病风险，比如人类白细胞抗原（HLA）-B51基因与白塞病的发病密切相关，在有白塞病家族史的人群中，发病几率可能比普通人群高一些。
遗传因素影响
基因关联： 人类白细胞抗原（HLA）-B51基因与白塞病的发病有着较为密切的关联。携带HLA - B51基因的人群，相对来说患白塞病的风险会有所升高。据统计，在白塞病患者中，HLA - B51基因的阳性率明显高于健康人群。
感染因素作用
细菌感染： 有研究认为，某些细菌感染可能会诱发白塞病。比如链球菌、结核杆菌等感染，可能会作为诱因，启动人体的免疫反应，从而导致白塞病的发生。当人体受到这些细菌感染后，免疫系统被激活，产生一系列免疫反应，可能会攻击自身组织，引发白塞病相关的症状。病毒感染： 部分病毒感染也可能与白塞病的发病有关。例如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等感染，可能会通过影响人体的免疫调节机制，导致免疫系统紊乱，进而引发白塞病。
免疫异常机制
免疫系统失调： 白塞病患者存在明显的免疫异常。人体的免疫系统正常情况下能够识别和清除外来病原体，但在白塞病患者体内，免疫系统出现失调，T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞功能异常，导致机体产生过多的自身抗体和炎性细胞因子。这些异常的免疫反应会攻击血管等组织，引起血管炎等一系列病理改变，从而出现白塞病的各种临床表现，如口腔溃疡、生殖器溃疡、眼部病变等。