小儿发烧39度手脚冰凉的原因主要有以下两点：一是体温处于上升期，二是植物神经紊乱。
一、体温处于上升期：
1.具体表现：在此阶段，小儿的末梢循环欠佳，进而出现手脚发凉，同时孩子会有寒战、畏寒等表现。
2.解决办法：
(1)药物退热：可在医生指导下使用退热药物，比如布洛芬类退烧药或对乙酰氨基酚类退烧药。若口服药物困难或有明显呕吐、不能正常进食时，可选择布洛芬栓或对乙酰氨基酚栓。
(2)物理降温：家长可为孩子进行物理降温，用温水擦拭腋窝、腘窝、腹股沟等部位，也可给孩子洗温水澡或进行额头冷敷。
二、植物神经紊乱：
1.具体情况：调节周围血管的植物神经因发热而出现紊乱，导致周围血管痉挛收缩、闭塞，血供减少，从而造成手脚冰冷。
2.解决措施：
(1)适当给手脚捂热，促进血管打开，同时可在医生指导下通过药物控制体温，如使用布洛芬降温。
(2)注重手脚的保温工作，如用热水泡手脚，或局部给孩子盖好被子，做好保暖，这样既能帮助退烧，又能缓解手脚冰凉状况。
总之，当小儿发烧39度且手脚冰凉时，要明确具体原因，然后采取针对性的措施来处理，以保障孩子的健康。