肛周脓肿是肛管直肠周围软组织或其周围间隙发生的急性化脓性感染并形成脓肿，其发病原因主要有以下几方面。首先，细菌感染是常见原因之一，比如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等细菌可通过肛腺侵入肛周组织引发感染。据统计，约80% - 90%的肛周脓肿与肛腺感染有关。
肛腺感染导致
肛腺堵塞： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦，肛窦易受损伤，比如腹泻时粪便刺激肛窦，就可能导致肛窦感染，进而使肛腺管堵塞。一旦肛腺管堵塞，腺体内的分泌物无法排出，细菌就容易在腺体内繁殖，从而引发感染，感染蔓延至肛周间隙就形成肛周脓肿。肛窦损伤： 大便干结、粗糙等情况容易损伤肛窦，像长期便秘的人群，排便时干结的大便容易擦伤肛窦，使得细菌有可乘之机，侵入肛腺引发炎症，最终发展为肛周脓肿。
免疫力低下引发
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力相对较低，容易受到细菌侵袭。高血糖环境有利于细菌生长繁殖，所以糖尿病患者发生肛周脓肿的风险比普通人要高。例如，糖尿病患者血糖长期高于正常范围时，感染肛周组织后更难控制，容易形成脓肿且病情容易反复。长期使用免疫抑制剂者： 像器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，其免疫系统受到抑制，对细菌等病原体的抵御能力下降，容易发生各种感染，肛周感染也较为常见，进而可能引发肛周脓肿。
其他因素影响
肛周局部损伤： 肛门部位受到外伤，比如异物刺伤、肛门直肠指检时操作不当等，都可能使细菌进入肛周组织引发感染。例如，有人不小心被尖锐异物刺伤肛门周围，若处理不及时，就可能导致细菌感染，逐步发展成肛周脓肿。不良生活习惯： 长期久坐、不爱运动的人，肛周局部血液循环不畅，容易引发感染。另外，不注意肛门局部清洁卫生，也会增加肛周感染的几率。比如，长期久坐办公室的人群，缺乏运动，肛周血液循环差，加上如果不注意肛门清洁，就更容易患上肛周脓肿。