宝宝发热39℃且手脚冰凉时，可采取药物和物理退热方法，具体如下：
一、首先要知道宝宝发热39℃时手脚冰凉是常见表现，这主要是由于血管收缩导致末梢循环不佳而引起的。可选用含对乙酰氨基酚或布洛芬成分的退热药物口服，或者相应退热药物的栓剂进行治疗（选其一即可）。对乙酰氨基酚适用于2个月以上的宝宝，布洛芬适用于6个月以上的宝宝。用药时需严格按照剂量使用，避免过量用药带来不良反应。
二、要让宝宝适当多喝温热水，勤喝温热水有助于体温恢复正常。多喝水可以促进宝宝身体的新陈代谢，帮助散热，补充因发热而丢失的水分。
三、用温热水擦拭时，仅针对颈部、腋下、腹股沟等血管丰富的部位进行，前提是宝宝没有明显寒战。如果宝宝有寒战表现，则不建议擦拭，否则会让宝宝非常不舒服。擦拭这些部位能有效帮助散热，缓解发热症状。
四、给宝宝适当用热水泡脚，可以缓解手脚凉的现象，促进和恢复血液循环，也更有利于体温恢复正常。泡脚可以改善宝宝末梢循环，让宝宝感觉更舒适。
总之，当宝宝出现发热39℃且手脚冰凉的情况时，要及时采取合适的措施进行处理，同时密切关注宝宝的状态，若发热持续不退或出现其他异常情况，应及时就医。