乳糖不耐受症的主要症状表现多样。一般来说，乳糖不耐受者在摄入含乳糖的食物后0.5~2小时内可能出现症状。
胃肠道症状
腹泻： 这是比较常见的症状之一，肠道无法很好地消化乳糖，导致肠道蠕动加快，从而引起腹泻，大便多为黄色稀便，次数可能较多。腹胀： 未被消化的乳糖在肠道内被肠道细菌发酵，产生气体，导致腹部胀气，感觉肚子鼓鼓的，可能会有不适感。
消化道不适症状
腹痛： 部分乳糖不耐受者会出现腹痛情况，疼痛程度因人而异，可能是隐隐作痛，也可能是较明显的绞痛，主要是因为肠道内气体积聚或肠道蠕动异常等原因引起。恶心： 有些患者在摄入乳糖后会有恶心的感觉，可能会伴随想要呕吐的症状，这是身体对乳糖不耐受的一种反应。
其他相关症状
肠鸣音亢进： 肠道内气体增多等情况可能会使肠鸣音比正常时活跃，能听到较明显的咕噜咕噜声。对于婴儿来说，乳糖不耐受还可能影响其生长发育，因为乳糖是婴儿获取营养的重要来源之一，长期乳糖不耐受可能导致营养吸收不良，体重增长缓慢等。