孩子半夜高烧39℃，主要的处理办法包含物理降温、及时补液、药物治疗。
一、物理降温：
1.可以使用退热贴贴于额头，这能帮助降低体温。退热贴利用其凝胶中的水分汽化带走热量，起到局部降温的作用。
2.用温水擦拭肌肤也是常见的方法。通过温水擦拭孩子的颈部、腋窝、腹股沟等大血管丰富的部位，可有效散热。
二、及时补液：
1.孩子发烧39℃持续时间较长时，可能导致脱水，所以要及时给孩子补充液体和水分。这样能防止因脱水引发的一系列不良后果。
2.可以让孩子适量饮用温水或口服补液盐，以维持身体的水分平衡。
三、药物治疗：
1.高烧39℃属于高烧状态，此时需要及时服用退烧药物，如布洛芬混悬液和对乙酰氨基酚等。这些药物具有解热镇痛的效果。
2.通过药物作用来调节体温中枢，促使体温下降。
如果小孩高烧不退，一定要及时前往医院就诊，严格按照医生的指导进行规范诊治。
总之，孩子半夜高烧39℃不可轻视，要根据具体情况合理选择物理降温、及时补液、药物治疗等方法，若情况不佳需尽快就医处理。