孕甲减会对胎儿产生多方面影响。研究表明，孕妇甲减若未得到有效控制，约30%~50%的胎儿智力发育可能受到影响。
对胎儿神经系统发育的影响
早期影响： 在胎儿发育的前12周，胎儿自身甲状腺功能尚未完全建立，其脑发育所需的甲状腺激素主要依赖母体供应。如果孕妇甲减，母体甲状腺激素不足会影响胎儿脑神经细胞的增殖、迁移、分化以及髓鞘形成等过程，可能导致胎儿智力发育迟缓。中晚期影响： 即使到了中晚期，胎儿自身甲状腺功能逐渐完善，但母体甲减仍可能干扰胎儿甲状腺激素的正常分泌，进而影响胎儿的认知功能、语言发育等，使胎儿出生后在智力测试等方面可能表现不佳。
对胎儿生长发育的影响
体格发育受限： 甲状腺激素对胎儿的生长发育至关重要，包括骨骼的生长和身体各器官的发育。孕妇甲减时，胎儿获取的甲状腺激素不足，可能出现生长受限的情况，表现为胎儿的双顶径、股骨长等指标低于正常孕周的胎儿，出生时体重可能偏低。胎儿心率异常： 甲状腺激素还参与调节胎儿的心血管系统功能，孕妇甲减可能导致胎儿心率出现异常，影响胎儿的心血管发育。
增加胎儿早产、流产风险
早产风险升高： 有研究发现，孕妇甲减会使体内的炎症因子水平升高，这些炎症因子会刺激子宫收缩，从而增加早产的发生风险。流产风险增加： 甲状腺激素水平异常会影响子宫内膜的容受性以及胚胎的着床和发育，孕妇甲减时，子宫内膜环境不利于胚胎着床和维持妊娠，导致流产的风险明显增加。
对胎儿甲状腺功能的影响
自身甲状腺功能受抑： 胎儿的甲状腺功能建立依赖母体甲状腺激素的供应，孕妇甲减时，胎儿长期处于相对甲状腺激素不足的环境中，可能会反馈性地刺激自身垂体分泌促甲状腺激素（TSH），但由于母体供应不足，胎儿自身甲状腺激素的合成和分泌仍可能受到抑制，影响胎儿自身甲状腺功能的正常发育。