衣原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。男性泌尿生殖道感染衣原体时，约有50%的人会出现尿道刺痒、灼痛等症状，还可能有尿频、尿急，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，多需用力挤压尿道才见分泌物溢出，常于晨起尿道口有少量粘液性分泌物或仅有痂膜封口，或见污秽裤裆。
女性泌尿生殖道感染症状
女性感染衣原体后，宫颈是最常被感染的部位。多数女性感染后无明显症状，有症状者主要表现为阴道分泌物增多，呈粘液脓性，性交后出血，外阴瘙痒等。如果感染蔓延至尿道，可出现尿频、尿急、尿痛等症状。
眼部衣原体感染症状
沙眼衣原体是引起眼部感染的常见类型。急性沙眼的症状包括眼睛异物感、烧灼感、畏光、流泪，同时伴有较多的粘液或脓性分泌物，睑结膜充血、乳头增生、滤泡形成等。慢性沙眼则可能出现眼睑结膜肥厚、瘢痕形成等，严重时可影响视力。
呼吸道衣原体感染症状
肺炎衣原体可引起呼吸道感染。儿童感染后可能出现发热、咳嗽等症状，咳嗽多为干咳，可持续数周。成人感染后症状相对较轻，可能有咽痛、声音嘶哑、咳嗽等，肺部听诊可闻及湿啰音等。