衣原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。男性衣原体尿道炎通常在感染后1-3周出现症状，可能有尿道刺痒、烧灼感，伴有轻重不同的尿频、尿急、尿痛，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄、量少，为浆液性或脓性。女性感染衣原体后，宫颈炎较为常见，可能出现阴道分泌物增多，呈黏液脓性，性交后出血等，若上行感染至输卵管，还可能导致下腹疼痛、性交痛等，部分人可能无症状但仍具传染性。
泌尿生殖系统感染症状
男性泌尿生殖系统： 感染衣原体后，除了上述尿道相关症状，严重时可能引发附睾炎，表现为附睾肿大、疼痛、触痛明显，阴囊也可能有红肿。女性泌尿生殖系统： 除了宫颈炎表现，若感染累及盆腔，还可能出现发热、寒战、下腹部疼痛持续存在且活动或性交后加重等症状，影响生育功能时可能导致宫外孕或不孕。
眼部感染症状
新生儿衣原体眼炎： 多在出生后5-14天发病，表现为双眼睑红肿，眼分泌物多，开始为浆液性，随后变为脓性，可伴有结膜充血、水肿等。成人衣原体性结膜炎： 通常是单侧发病，也可累及双侧，症状包括眼睛异物感、烧灼感、发痒、流泪、黏液脓性分泌物等，一般无全身症状。
呼吸道感染症状
儿童衣原体肺炎： 多发生在6个月至3岁的儿童，起病较缓慢，初期有上呼吸道感染症状，如鼻塞、流涕，随后出现咳嗽，多为刺激性干咳，可持续数周，部分患儿可能伴有发热，但热度一般不高。成人衣原体肺炎： 症状相对较轻，可能有咽痛、声音嘶哑、咳嗽等，咳嗽可持续较长时间，有的患者还可能出现头痛、肌肉酸痛等全身症状。