三个月宝宝咳嗽，一般考虑是急性上呼吸道感染、肺炎、胃食管反流等原因导致的，也可能是百日咳等其他情况。下面具体来分析：
一、急性上呼吸道感染
大多由病毒感染引起。一般来说这种感染可以自愈，无需特殊治疗。咳嗽其实是身体正常排出病菌的一种方式，不建议给宝宝使用镇咳药，可以通过直接服用蜂蜜或热梨汤等方式来缓解症状。但要是症状比较严重，建议家长尽快带宝宝去就医，明确病因后进行对症治疗。
1.病毒感染：这是常见的致病因素。
二、肺炎
肺炎常见原因是细菌感染。其典型症状为咳嗽，通常还伴有发热、气促、喘息等表现。如果症状较轻，可以根据病因使用抗感染药物，如阿莫西林等；若考虑细菌感染可能性较大，可遵医嘱使用青霉素、头孢唑肟等药物进行抗感染治疗。同时还能进行吸痰、雾化等对症支持治疗。病情严重时，可以在医生指导下使用呼吸机进行呼吸支持。
1.细菌感染：是主要原因之一。
2.治疗方法：
(1)抗感染药物：如阿莫西林、青霉素、头孢唑肟等。
(2)对症支持治疗：包括吸痰、雾化等，严重时使用呼吸机。
三、胃食管反流
该病也常引发宝宝咳嗽，一般夜间和清晨较为明显，属于刺激性呛咳。这时可以将宝宝头部适当抬高约30°，并让宝宝侧卧来改善，同时要做到少吃多餐。可遵医嘱服用抑酸药，比如西咪替丁等；胃肠黏膜保护剂，如硫糖铝、磷酸铝凝胶等。若经过保守治疗6至8周无效，或者有其他合并症状，可考虑选择外科手术进行治疗。
1.症状特点：夜间和清晨咳嗽明显。
2.治疗手段：
(1)调整姿势和饮食：抬高头部、侧卧、少吃多餐。
(2)药物治疗：抑酸药如西咪替丁，胃肠黏膜保护剂如硫糖铝、磷酸铝凝胶。
(3)手术治疗：保守治疗无效或有其他情况时考虑。
除了上述原因外，百日咳等也可能导致相应症状。总之，当宝宝出现咳嗽时，应及时就医，以便明确诊断并采取合适的治疗措施。