引起肝功能异常的原因有多种。比如，约有10%的健康人可能会因药物因素导致肝功能异常，像抗生素中的四环素等就可能对肝脏有影响。
一、病毒性肝炎引起
病毒性肝炎感染： 由甲型、乙型、丙型、丁型、戊型等肝炎病毒引起的肝炎，会直接损害肝细胞，导致肝功能异常。例如乙型肝炎病毒，它会在肝细胞内复制，引发免疫反应攻击肝细胞，影响肝脏的正常代谢、合成等功能。慢性病毒性肝炎迁延不愈： 一些人感染病毒性肝炎后转为慢性，病情反复，长期的炎症刺激会持续损伤肝细胞，使得肝功能持续处于异常状态，比如慢性乙型肝炎患者，如果病毒持续活跃复制，就容易出现转氨酶升高等肝功能异常表现。
二、药物或毒物损伤
药物性肝损伤： 很多药物都可能引起肝损伤导致肝功能异常，像抗结核药异烟肼，大约有1% - 10%的用药者会出现不同程度的肝功能损害。还有抗肿瘤药物中的甲氨蝶呤等，也可能对肝脏造成毒性作用，干扰肝脏细胞的正常功能。毒物接触： 长期接触某些有毒物质也会损伤肝脏，比如长期接触四氯化碳，它会破坏肝细胞的细胞膜等结构，影响肝脏的代谢、解毒等功能，进而引起肝功能异常。
三、酒精因素影响
长期大量饮酒： 长期大量饮酒的人，酒精进入人体后主要在肝脏代谢，酒精及其代谢产物会直接毒害肝细胞，导致肝细胞变性、坏死等。一般来说，成人每日饮酒折合酒精量超过80g，持续10年以上就可能引发酒精性肝病，出现肝功能异常，如转氨酶升高、胆红素升高等情况。短期内大量酗酒： 短期内大量酗酒也可能导致急性肝功能损伤，因为短时间内大量酒精进入肝脏，超出了肝脏的代谢承受能力，会引起肝脏的炎症反应，造成肝功能异常。
四、自身免疫性因素
自身免疫性肝炎： 机体免疫系统错误地攻击自身肝脏组织，导致肝脏炎症损伤，引发肝功能异常。这种疾病多见于女性，发病机制与自身免疫调节紊乱有关，患者体内会产生针对肝脏细胞的自身抗体，破坏肝细胞，使得肝功能检查指标出现异常，如球蛋白升高等。其他自身免疫性疾病累及肝脏： 像系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，也可能累及肝脏，引起肝脏的免疫性损伤，导致肝功能异常，因为这些疾病的免疫反应会波及肝脏，影响肝脏的正常功能。