慢性肠炎的症状表现多样，常见的有腹痛，一般程度较轻，多为隐痛或胀痛，有的患者可能会持续数小时甚至数天。腹泻也是典型症状之一，多数患者每天排便3~5次不等，大便性状可呈稀糊状、水样便等。
肠道不适表现
腹痛特点： 慢性肠炎引起的腹痛位置不固定，多在脐周附近。疼痛程度因人而异，有的患者感觉隐隐作痛，不影响正常活动；而有的患者疼痛相对明显，可能会对日常作息产生一定影响。腹泻情况： 腹泻的频率和大便性状会有变化。如果是轻度慢性肠炎，可能只是偶尔大便次数比平时多一点，大便基本成形；但病情较重时，腹泻次数会增多，大便多为稀水样，还可能伴有未消化的食物残渣。
全身相关表现
营养不良表现： 长期慢性肠炎会影响营养物质的吸收，患者可能会出现体重下降的情况。一般来说，若病情持续3个月以上，体重可能会下降5%~10%左右。同时，还可能出现面色萎黄、精神不振等表现，因为身体缺乏必要的营养物质来维持正常的生理状态。乏力症状： 由于肠道功能紊乱，身体能量供应不足，患者会经常感到乏力，即使经过短暂休息，也难以完全缓解这种疲劳感，日常活动耐力明显下降。
其他伴随症状
大便异常情况： 除了腹泻，部分慢性肠炎患者还可能出现大便带黏液的情况，黏液量多少不一，有的患者大便表面仅可见少量黏液，而有的患者黏液量较多，甚至大便会呈黏液脓血便，但这种情况相对较少见。肠鸣音异常： 用听诊器听诊腹部时，可发现慢性肠炎患者的肠鸣音可能会亢进，即肠鸣音次数比正常情况增多，声音也会更响亮。不过，肠鸣音亢进的程度也因个体病情不同而有所差异。