三个月宝宝睡觉老是摇头，可能与以下原因有关。
1.正常生理现象：宝宝的神经系统发育不完善，容易受到外界刺激而兴奋，摇头是一种自我安慰的方式。此外，宝宝的新陈代谢旺盛，头部容易出汗，睡觉时头部瘙痒也会导致摇头。
2.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会出现瘙痒感，导致宝宝通过摇头来缓解不适。
3.缺钙：宝宝缺钙时，会导致神经兴奋性增加，出现多汗、摇头、夜惊等症状。
4.耳部感染：宝宝耳部感染时，会出现耳部疼痛，摇头可以缓解疼痛。
5.皮肤过敏：如果宝宝对床上用品或衣物过敏，也可能导致头部瘙痒，引起摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头，精神状态良好，吃奶、睡眠正常，可能是正常的生理现象，不需要特殊处理。但如果宝宝经常摇头，伴有多汗、夜惊、烦躁等症状，或者摇头严重影响了宝宝的睡眠和生活，建议及时就医，明确原因，并进行相应的治疗。
此外，家长在照顾宝宝时，要注意保持宝宝的头部清洁，勤换衣物和床上用品，避免宝宝过热或过冷。同时，要及时给宝宝补充维生素D和钙剂，预防缺钙。如果宝宝有湿疹，要及时治疗，保持皮肤清洁干燥。如果宝宝出现耳部感染，要及时就医，使用抗生素治疗。