三个月宝宝睡觉摇头可能由以下原因引起：
1.正常生理现象：宝宝神经系统发育不完善，控制能力较弱，易出现兴奋、激惹，当外界环境刺激时，如声音、光亮等，可能会出现摇头、抖动等情况，这是正常的生理现象。
2.皮肤问题：宝宝头部容易出汗，若家长没有及时给宝宝清理，导致头部皮肤瘙痒，也会出现睡觉时摇头的情况。
3.维生素D缺乏性佝偻病：宝宝体内维生素D不足，可导致钙吸收和利用障碍，引起神经兴奋性增加，出现多汗、摇头、夜惊、睡眠不安等症状。
4.湿疹：宝宝头部、面部、颈部等部位出现湿疹，会导致皮肤瘙痒，也会引起宝宝睡觉时摇头。
5.其他：中耳炎、外耳道炎等耳部疾病，也可能导致宝宝睡觉时摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头，精神状态良好，吃奶正常，一般不需要特殊处理。如果宝宝摇头频繁，伴有多汗、夜惊、烦躁、睡眠不安等症状，需要及时带宝宝到医院就诊，明确原因，并进行相应的治疗。