宝宝三个月睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：1.生理因素：神经系统发育不完善：宝宝的神经系统还未完全发育成熟，容易受到外界刺激的影响，导致摇头
皮肤不适：宝宝的头部容易出汗，如果没有及时清洗，汗液会刺激头皮，引起瘙痒，导致宝宝摇头
环境因素：环境温度过高、过低，或者床铺不舒适，也可能导致宝宝睡觉摇头。2.病理因素：湿疹：宝宝头皮上如果有湿疹，会出现红斑、丘疹、水疱等症状，伴有剧烈瘙痒，导致宝宝摇头
中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳部疼痛、流脓等症状，也会导致宝宝摇头
佝偻病：维生素D缺乏性佝偻病的早期表现之一就是多汗、摇头，同时还可能伴有夜惊、夜啼、烦躁不安等症状。
针对以上原因，可以采取以下措施：1.保持宝宝头部清洁，及时清洗汗液和头皮屑。2.给宝宝选择舒适的床铺和合适的环境温度。3.如果宝宝有湿疹或中耳炎，应及时就医，进行治疗。4.如果宝宝有佝偻病，应在医生的指导下补充维生素D和钙剂。
需要注意的是，如果宝宝睡觉摇头的情况持续时间较长或伴有其他异常症状，应及时就医，以便明确原因，并采取相应的治疗措施。