三个月宝宝睡觉老是摇头，可能与以下原因有关。
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统尚未完全发育成熟，可能会出现一些无意识的动作，包括摇头。这种情况通常是正常的，随着宝宝的成长会逐渐消失。
2.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会因为瘙痒而摇头。湿疹可能还伴有皮肤发红、脱屑等症状。
3.缺钙：维生素D缺乏性佝偻病早期，宝宝可出现多汗、头部瘙痒，进而出现摇头，摩擦枕头可导致枕部头发减少，出现枕秃。
4.外耳道炎或中耳炎：如果宝宝耳朵进水、有耵聍，或有呼吸道感染，可能会引起中耳炎，导致耳部疼痛，宝宝会通过摇头来缓解不适。
5.头皮瘙痒：宝宝的头部可能因为出汗、污垢等原因而瘙痒，导致他们通过摇头来缓解。
6.温度不适：宝宝的房间温度过高或过低，或被子太厚，都可能让他们感到不舒服，从而通过摇头来表达。
需要注意的是，如果宝宝摇头的同时，还伴有其他异常表现，如哭闹、烦躁、睡眠不安、夜惊、囟门大、方颅等，应及时就医，以排除其他潜在的健康问题。
此外，对于三个月的宝宝，家长还应注意以下几点：
1.保持宝宝的头部清洁，经常给宝宝洗头。
2.给宝宝选择透气、舒适的衣物和床上用品。
3.注意宝宝的饮食，保证摄入足够的维生素D和钙。
4.不要给宝宝养成摇晃头部的习惯，以免影响宝宝的头部发育。
5.如果宝宝有湿疹，应及时就医，遵医嘱使用药物治疗。
6.如果宝宝出现发热、咳嗽等症状，应及时就医，以排除呼吸道感染的可能。
总之，如果宝宝三个月睡觉老是摇头，家长应密切观察宝宝的情况，如果症状持续不缓解或伴有其他异常表现，应及时就医，以确保宝宝的健康。