大便肛门疼的原因可能有以下几点：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起，典型症状为肛门疼痛、便血和便秘。肛门检查时可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：肛门缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青蓝，大的外痔还会引起便后肛门部肿物不能回纳。局部表现为剧烈疼痛、行走不便、坐卧不安。
3.肛管炎：肛管炎是长期的粪便刺激和不良的排便习惯引起的，其主要表现为肛门部下坠感、疼痛、肛管黏膜充血、水肿、糜烂，有时会出现脓性分泌物。
4.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，其特点是自行破溃，或在手术切开引流后常形成肛瘘。肛周脓肿的症状是先感到肛门周围出现了一个小硬块或肿块，继而疼痛加剧、红肿发热、坠胀不适、坐卧不宁、夜不能眠、大便秘结、排尿不畅成里急后重等直肠刺激症状。
5.内痔嵌顿：内痔或混合痔脱出、水肿，不能及时回纳，嵌顿的内痔可发生绞窄、坏死，严重者可导致感染。
6.其他：肠道炎症、肿瘤、肛管或直肠损伤、肛门直肠神经官能症等也可能引起大便肛门疼。
需要注意的是，以上只是一些常见的原因，大便肛门疼还可能有其他原因。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，以便明确诊断并进行治疗。