肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常称为肛瘘，中医也称之为“肛漏”。引起肛瘘的原因主要有以下几个方面：
1.感染：肛管直肠周围脓肿破溃或切开引流后形成肛瘘。
2.直肠肛门损伤：外伤、吞咽骨头、金属，肛门体温计，肛门镜检查等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛周脓肿，不及时治疗，都可导致肛瘘。
3.会阴部手术：内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可引发肛瘘。
4.结核：吞咽结核菌，可引起肠道结核，也会导致肛瘘。
5.溃疡性大肠炎：连累直肠和肛管的慢性炎症、恶变、溃疡性大肠炎克隆氏病等，易并发肛瘘。