感染：
大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。
结核：吞咽结核菌可引起肛周脓肿，肠结核也可导致肛瘘。
医源性因素：
内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染均可引发肛瘘。
其他：
会阴部手术：如内痔环切手术、直肠息肉切除术等，操作不当可导致肛门腺损伤，感染后形成肛周脓肿，引发肛瘘。
肛裂：反复肛裂也可导致肛腺感染，形成肛周脓肿，造成肛瘘。
营养不良：身体虚弱、抵抗力低下或患有慢性消耗性疾病，或因放疗、化疗、年老体弱等原因导致身体免疫功能下降，易并发肛瘘。
免疫功能低下：婴幼儿肛瘘患者居多，与肛管局部免疫机能不全有关。
肛门裂：反复的肛门裂感染也可导致肛瘘。