肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。肛瘘的病因主要与以下因素有关。
1.感染：肛管直肠周围脓肿是肛瘘的主要原因，约90%的肛瘘是由肛管直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。
2.直肠肛门损伤：来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛周脓肿，不及时治疗，都可导致肛瘘。
3.肛裂：反复肛裂也可导致皮下瘘。
4.会阴部手术：内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染均可引发肛瘘。
5.结核：吞咽结核菌可引起肛周结核，继而引发肛瘘。
6.溃疡性大肠炎：克隆氏病等难以根治的疾病也可导致肛瘘。
肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此，一旦明确诊断，需及时手术治疗。