川牛膝与怀牛膝均具有逐瘀通经、通利关节、利尿通淋的功效，但川牛膝偏于破血通经，怀牛膝偏于补肝肾、强筋骨。以下是川牛膝与怀牛膝的主要区别：
1.来源不同：川牛膝为苋科植物川牛膝的干燥根；怀牛膝为苋科植物牛膝的干燥根。
2.性状不同：川牛膝根呈近圆柱形，微扭曲，向下略细或有少数分枝，长30～60cm，直径0.5～3cm。表面黄棕色或灰褐色，具纵皱纹、支根痕和多数横向突起的皮孔。质韧，不易折断，断面浅黄色或棕黄色，维管束点状，排列成数轮同心环。气微，味甜。怀牛膝根呈细长圆柱形，有时稍弯曲，上端较粗，长30～90cm，直径0.4～1cm。表面灰黄色或淡棕色，有细纵皱纹和稀疏的侧根痕。质硬而脆，易折断，受潮后变软，断面黄白色，微呈角质样而油润。气微，味微甜而稍苦涩。
3.产地不同：川牛膝主产于四川、贵州、云南等地；怀牛膝主产于河南温县、武陟、博爱、沁阳等地。
4.功效不同：川牛膝逐瘀通经力强，常用于经闭，痛经，难产，胞衣不下，关节痹痛，足痿筋挛，尿血，血淋，跌扑损伤。怀牛膝逐瘀通经、补肝肾、强筋骨、利尿通淋、引血下行之力较弱，常用于腰膝酸痛，筋骨无力，经闭症瘕，肝阳眩晕。
5.用法用量不同：川牛膝煎服，3～9g；怀牛膝煎服，6～15g。
6.注意事项不同：孕妇及月经过多者禁服川牛膝；中气下陷，脾虚泄泻，下元不固，多梦遗精者禁服怀牛膝。