肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常称为肛瘘，中医称为肛漏。肛瘘大多是非特异性感染，少数是结核性的。引起肛瘘的原因主要有以下几点：
1.肛周脓肿：肛瘘绝大多数是由肛周脓肿破溃后形成的。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。
2.直肠肛门损伤：来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛周脓肿，不及时治疗，都可导致肛瘘。
3.肛裂、痔疮等肛肠疾病：肛裂、痔疮等肛肠疾病也可并发肛瘘，这些疾病可能会造成肛管直肠周围脓肿，溃破后疮口不收或暂时愈合，从而导致肛瘘。
4.会阴部手术：内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛管直肠引起脓肿及瘘。
5.结核：吞咽结核菌可引起肠道结核，也可发生肛瘘。