1.感染：
肛管直肠周围脓肿破溃或切开引流后形成肛瘘。
2.直肠肛门损伤：
外伤、来自消化道的损伤、来自肛腺的损伤等，均可导致肛瘘。
3.会阴部手术：
内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可引发肛瘘。
4.结核：
吞咽结核菌可引起溃疡性结肠炎，并发肉芽肿样溃疡，与肛瘘相似。
5.克罗恩病：
与肛瘘并存的病例不少见。
6.其他：
恶性肿瘤、肛管外伤、血液病、溃疡性大肠炎、再生障碍性贫血等，也可导致肛瘘。
肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此，一旦确诊肛瘘，需要及时就医，进行手术治疗。手术治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。