肛瘘主要是由肛周脓肿发展而来的。大约50%以上的肛瘘患者，最初是因为肛周脓肿没有得到及时有效的治疗，脓肿自行破溃或者经切开引流后，脓腔壁形成纤维化的管壁，就逐渐形成了肛瘘。
肛周脓肿未规范治疗导致
肛周脓肿形成阶段： 当肛门腺感染后，会在肛腺及其周围组织引起炎症，进而形成脓肿。如果这个时候没有进行规范的抗感染治疗以及彻底的脓肿切开引流，感染就可能持续存在。比如，有些患者肛周脓肿后，自行涂抹一些药膏，没有及时就医，炎症就会继续发展。向肛瘘转变： 肛周脓肿自行破溃或者切开引流后，原本的感染通道并没有完全消除，脓腔的内壁会逐渐形成瘢痕组织，使得引流不畅，长期如此就慢慢形成了肛瘘，内口通常在肛窦处，外口在肛周皮肤。
直肠肛门损伤引发
外伤导致： 比如肛门部位受到外来的暴力损伤，像异物插入肛门，或者是进行肛门指检等医疗操作时用力不当，造成直肠肛门部位的损伤。如果损伤后没有得到妥善处理，细菌就容易侵入损伤部位，引发感染，进而形成肛瘘。例如，有患者因意外撞击肛门，之后出现感染情况，最终发展为肛瘘。医源性损伤： 在一些直肠肛门的手术过程中，如果操作不当，也可能导致肛瘘。比如痔疮手术时，切除组织过多或者处理不当，就可能引起感染，从而形成肛瘘。
特异性炎症影响
结核杆菌感染： 当人体感染结核杆菌后，结核病变可能会累及肛门直肠部位。结核杆菌会在肛周组织中引起慢性炎症，长期的炎症刺激会破坏组织，导致肛瘘的形成。据相关统计，由结核引起的肛瘘占肛瘘总数的一定比例，虽然具体数值因地区等因素有差异，但确实存在这样的情况。克罗恩病： 克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，累及肠道时也可能波及肛门直肠。患者肠道出现炎症、溃疡等病变，炎症蔓延到肛周，就容易引发肛瘘。克罗恩病患者发生肛瘘的几率相对较高，而且病情往往比较复杂，治疗也相对困难。