二次肾结石碎石后还疼可能由多种原因引起，以下是常见情况。
一、碎石未完全排出
结石碎石后，碎块需要通过尿液逐渐排出。若碎块在排出过程中造成输尿管梗阻，就会引发疼痛。这与患者的结石大小、质地等因素有关，较大或质地坚硬的结石碎块排出相对困难。
二、局部损伤炎症反应
碎石过程中可能对肾脏、输尿管等部位造成一定损伤，局部会出现炎症反应，从而导致疼痛。患者的身体恢复状况也会影响炎症消退时间，体质较弱者可能疼痛持续时间较长。
三、输尿管痉挛
碎石后，结石碎块刺激输尿管，可引起输尿管痉挛，进而产生疼痛。这与个体对刺激的敏感程度有关，敏感人群可能更容易出现输尿管痉挛导致的疼痛。
四、合并其他泌尿系统问题
如患者本身还合并有泌尿系统感染等其他问题，也可能导致碎石后仍有疼痛。感染会加重局部的炎症反应，使疼痛加剧，且不同年龄、性别患者的感染易患因素有所不同，比如女性尿道短相对更易发生泌尿系统感染。
如果二次肾结石碎石后持续疼痛，应及时就医，进行相关检查，以明确具体原因并采取相应措施。