跑完步小腿骨头疼的原因可能是胫腓骨疲劳性骨膜炎，主要是因为在跑步过程中，小腿肌肉反复收缩，使小腿骨膜受到牵扯，刺激骨膜及骨膜血管扩张、充血、水肿或骨膜下出血，血肿机化、骨膜增生及炎症性改变。
如果出现这种情况，首先要停止跑步，休息一段时间，让小腿骨膜得到充分的恢复。其次，可以采取以下治疗方法：
1.冷敷：在疼痛发作的24小时内，用冰袋或冷毛巾对疼痛部位进行冷敷，每次15-20分钟，每天数次，可有效缓解疼痛和肿胀。
2.热敷：在疼痛缓解后，可以用热毛巾或热水袋对疼痛部位进行热敷，每次20-30分钟，每天数次，可促进血液循环，缓解肌肉紧张。
3.按摩：用手轻轻按摩疼痛部位，可缓解肌肉紧张，促进血液循环。
4.药物治疗：可在医生的指导下服用一些止痛药物，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。
5.物理治疗：如超短波、红外线等物理治疗方法，可缓解疼痛，促进恢复。
6.运动治疗：在疼痛缓解后，可以逐渐进行一些适当的运动，如散步、慢跑等，以增强小腿肌肉的力量和柔韧性。
总之，跑完步小腿骨头疼可能是胫腓骨疲劳性骨膜炎引起的，需要及时休息和治疗。如果疼痛持续不缓解或加重，建议及时就医，以便明确病因，进行针对性治疗。