小儿高烧39度反复发作的原因主要有以下几点：
1.感染性疾病：这是最常见的原因，如细菌、病毒、支原体等感染。小儿的免疫系统尚未完全发育成熟，容易受到各种感染的侵袭。常见的感染性疾病包括上呼吸道感染、肺炎、扁桃体炎、手足口病等。
细菌感染：如肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等，可引起呼吸道炎症，导致发烧。
病毒感染：如呼吸道合胞病毒、流感病毒等，可引起上呼吸道感染，出现发烧症状。
支原体感染：如肺炎支原体，可引起肺炎，表现为高热、咳嗽等症状。
2.非感染性疾病：除了感染性疾病外，还有一些其他原因也可能导致小儿高烧39度反复发作，如免疫性疾病、恶性肿瘤、药物热等。
免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等，可导致免疫系统异常，引起发烧。
恶性肿瘤：某些恶性肿瘤，如白血病、淋巴瘤等，可导致发烧。
药物热：某些药物，如抗生素、解热镇痛药等，可引起过敏反应，导致发烧。
3.其他原因：还有一些其他原因也可能导致小儿高烧39度反复发作，如环境因素、体温调节中枢异常等。
环境因素：如炎热的天气、穿着过多的衣物等，可导致小儿体温升高。
体温调节中枢异常：如下丘脑病变、中暑等，可导致体温调节失常，出现高热。
如果小儿高烧39度反复发作，建议及时就医，进行详细的检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，家长应注意给小儿多喝水，保持室内空气流通，注意休息，避免过度劳累。