小儿高烧39度反复发作的原因主要有以下几点：
1.感染性疾病：
病毒感染：如流感病毒、呼吸道合胞病毒等，是小儿高烧最常见的原因之一。
细菌感染：如肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等，也可能导致小儿高烧反复发作。
其他感染：如支原体感染、衣原体感染等。
2.非感染性疾病：
免疫性疾病：如风湿热、系统性红斑狼疮等，可导致小儿反复发热。
恶性肿瘤：如白血病、淋巴瘤等，也可能引起小儿高烧。
其他：如药物热、暑热症等。
3.其他因素：
体温调节中枢尚未发育完善：小儿的体温调节中枢发育尚未完善，容易受到外界环境的影响，导致体温升高。
感染后免疫反应：小儿感染病毒或细菌后，体内会产生免疫反应，导致体温再次升高。
其他：如剧烈运动、情绪激动、环境温度过高等，也可能导致小儿高烧反复发作。
需要注意的是，小儿高烧反复发作可能会对身体造成一定的影响，如影响大脑功能、导致脱水等。如果小儿高烧反复发作，建议及时就医，进行相关检查，明确病因，以便采取针对性的治疗措施。同时，家长应注意给小儿多喝水，注意休息，保持室内空气流通。