怀孕三个月肚子有点隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉、扩张等不适感，从而引起肚子隐隐作痛。
2.激素变化：怀孕后，女性体内的激素水平会发生变化，这也可能导致肚子隐隐作痛。
3.韧带拉伸：怀孕期间，女性的腹部和子宫周围的韧带会被拉伸，以适应子宫的增大。这种拉伸也可能引起肚子隐隐作痛。
4.消化不良：怀孕后，女性的消化系统可能会受到影响，出现消化不良、胃胀等症状，从而引起肚子隐隐作痛。
5.其他原因：如腹部受凉、便秘、先兆流产等，也可能导致怀孕三个月肚子隐隐作痛。
如果肚子隐隐作痛持续时间较长、疼痛程度加重，或伴有阴道流血、破水等异常情况，应及时就医，以排除先兆流产、宫外孕等异常情况。
在怀孕期间，应注意休息，避免剧烈运动和过度劳累。同时，应注意饮食卫生，避免食用不洁食物。如果肚子隐隐作痛持续不缓解或伴有其他异常症状，应及时就医，以确保自身和胎儿的健康。