怀孕三个月肚子有点隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉、收缩等不适感，从而引起肚子隐隐作痛。这种疼痛通常是轻微的，而且不会持续很长时间。
2.子宫韧带拉伸：怀孕后，子宫周围的韧带会被拉伸，以适应子宫的增大。这种拉伸也可能会引起肚子隐隐作痛，尤其是在变换体位或进行剧烈运动时。
3.其他原因：除了上述原因外，怀孕三个月肚子隐隐作痛还可能与其他因素有关，如消化不良、肠痉挛、腹部受凉等。
需要注意的是，如果疼痛持续时间较长、程度较剧烈，或者伴有阴道流血、发热等异常症状，应及时就医，以排除先兆流产、宫外孕等异常情况。此外，在怀孕期间，应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，均衡饮食，定期进行产前检查，以确保自身和胎儿的健康。