根据手上肉里面长硬疙瘩有点痛这一症状，可能是以下原因引起：
1.寻常疣：由人类乳头瘤病毒感染引起，可通过直接或间接接触传播。初期表现为质地坚硬的丘疹，逐渐增大至黄豆或更大，表面角化粗糙，呈乳头样增生，颜色呈灰褐色或正常肤色，一般无自觉症状，偶有压痛。
2.鸡眼：由于长期机械刺激引起的角质层过度增生，好发于足跖前中部、小趾外侧或拇趾内侧缘，也可见于足跟。皮损为境界清楚的淡黄色或深黄色圆锥形角质栓，其尖端嵌入皮内，如黄豆大小，表面光滑，与皮面平或稍隆起，中央有倒圆锥状角质栓嵌入真皮，因为鸡眼尖端压迫真皮内的末梢神经，故行走或站立时引起疼痛。
3.胼胝：是皮肤长期受压迫和摩擦而引起的手足皮肤局部扁平角质增生，为机体的保护性反应，一般无明显不适，通常在压迫或摩擦的部位出现。
4.皮肤纤维瘤：为成纤维细胞或组织细胞增生引起的良性肿瘤，可发生于任何年龄，多见于青年人，女性多于男性。皮损为圆形或卵圆形坚实的丘疹，单发或多发，直径一般为1～2cm，质地硬，表面光滑，呈正常肤色或淡褐色，可推动，无自觉症状。
5.腱鞘巨细胞瘤：好发于20～40岁女性，手指和手部最常见，也可见于足和膝部。肿瘤起源于腱鞘滑膜，可压迫周围组织引起疼痛和功能障碍。
6.其他：手部皮肤还可能发生皮脂腺囊肿、表皮样囊肿、脂肪瘤等疾病，也会出现上述症状。
如果手上肉里面长硬疙瘩有点痛，建议及时就医，明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中应注意避免手部皮肤受到过度的摩擦和压迫，保持皮肤清洁，避免感染。