山芋发芽后一般是可以吃的，但需要注意一些问题。
山芋（红薯）在发芽的过程中，并不会像土豆一样产生有毒的龙葵素。只要将山芋上长的芽去掉是可以吃的，更不会出现传说中的中毒症状。但山芋发芽后，由于营养和水分的大量流失，口感和营养价值会有所下降。
需要注意的是，山芋一旦发芽，就必须要进行妥善的保存，以免出现霉变腐烂的情况。因为山芋发芽就会开始长根须，这个时候山芋的表皮会被破坏，容易滋生细菌，发生霉变腐烂。如果山芋只是有点发芽的话，还是可以吃的，但如果表皮呈褐色或黑色斑点，就不能食用，因为这时的山芋已经受到了黑斑病菌的污染。黑斑病菌的毒性可使山芋变硬、发苦，无论水煮还是火烤，其毒性都不容易被破坏，因此绝对不能食用，否则会引起中毒。
此外，山芋在存放过程中，容易受到病原菌的侵袭，其中对山芋危害最大的是黑斑病菌，这种病菌只需要几个百分点就可以使山芋发生病变。黑斑病菌排出的毒素中含有番薯酮和番薯酮醇，使番薯变硬发苦，对人体的肝脏影响很大。这种毒素即使通过水煮火烤，也不会被破坏。因此，有黑斑病的山芋一定不能食用。
山芋虽然是一种价廉物美的健康食品，但也并非人人皆宜。山芋含一种氧化酶，这种酶容易在人的胃肠道里产生大量二氧化碳气体，如红薯吃得过多，会使人腹胀、呃逆、放屁。其次，山芋里含糖量高，吃多了可产生大量胃酸，使人感到“烧心”。胃由于受到酸液的刺激而加强收缩，此时胃与食管边接处的贲门肌肉放松，胃里的酸液即倒流进食管，人就吐酸水了。糖分多了，身体一时吸收不完，剩余的在肠道里发酵，也会使肚子不舒服。
山芋的不足之处，是缺少蛋白质和脂质，但是今天人们生活富裕了，已经不再把山芋作为主食，它缺少的营养物质完全可以通过其他膳食加以补充。