脖子两侧肌肉疼很久了可能由以下原因引起：
1.肌肉劳损：长时间保持同一姿势或进行重复性动作，如低头看手机、使用电脑等，可导致脖子两侧肌肉劳损，引起疼痛。
2.颈椎病：颈椎间盘退行性改变可导致颈部肌肉紧张、疼痛，疼痛可放射至脖子两侧。
3.颈部外伤：颈部受到外力撞击、扭伤或拉伤等，可导致颈部肌肉损伤，引起疼痛。
4.感染：颈部淋巴结炎、扁桃体炎等感染性疾病可引起颈部肌肉疼痛。
5.其他：风寒湿邪侵袭、强直性脊柱炎等也可导致脖子两侧肌肉疼。
针对脖子两侧肌肉疼很久的情况，可采取以下措施：
1.休息：避免长时间保持同一姿势或进行重复性动作，适当休息，可缓解颈部肌肉紧张。
2.物理治疗：可采用热敷、按摩、针灸等物理治疗方法，缓解颈部肌肉疼痛。
3.药物治疗：可口服非甾体类抗炎药，如布洛芬、双氯芬酸钠等，缓解疼痛。
4.运动治疗：可进行颈部保健操、颈部伸展运动等，增强颈部肌肉力量，缓解疼痛。
5.病因治疗：针对病因进行治疗，如治疗颈椎病、感染等。
如果脖子两侧肌肉疼持续时间较长或疼痛剧烈，建议及时就医，明确病因，进行针对性治疗。