小通草和通草的区别在于植物来源、性状特征、功效等方面，具体分析如下：
1.植物来源：小通草为旌节花科植物喜马山旌节花、中国旌节花或山茱萸科植物青荚叶的干燥茎髓；通草为五加科植物通脱木的干燥茎髓。
2.性状特征：小通草呈圆柱形，长20～40cm，直径1～2.5cm，无节，表面白色或淡黄色，有浅纵沟纹。通草为白色或淡黄色，体轻，质松软，稍有弹性，易折断，断面平坦，显银白色光泽，中部有直径0.3～1.5cm的空心或半透明的薄膜，纵剖面薄膜呈梯状排列。
3.功效：小通草具有清热利尿、通气下乳的功效；通草具有清热利湿、通气下乳的功效。
4.注意事项：小通草和通草均无明显副作用，但孕妇应慎用。