三个月大的婴儿在睡觉时总是摇头，可能是由以下原因引起的：
1.正常的生理现象：三个月大的婴儿神经系统发育尚未完善，大脑皮层兴奋性较低，睡眠时可能会出现摇头、惊跳等不自主的动作，这是正常的生理现象，随着婴儿的生长发育，这种情况会逐渐消失。
2.环境因素：如果婴儿睡觉时所处的环境温度过高、过低，或者被褥过厚、过硬，都可能导致婴儿感到不适，从而出现摇头的现象。
3.维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏性佝偻病的主要表现为多汗、夜惊、烦躁不安、摇头等，严重时还可能出现颅骨软化、方颅、鸡胸、漏斗胸等骨骼畸形。如果婴儿有维生素D缺乏性佝偻病的高危因素，如早产、低出生体重、双胎、母亲孕期有腿抽筋等，应及时带婴儿到医院进行检查，明确诊断。
4.湿疹：湿疹是一种常见的皮肤疾病，婴儿头皮、面部、颈部等部位可能会出现红斑、丘疹、水疱等皮疹，伴有瘙痒感，婴儿可能会通过摇头来缓解瘙痒。
5.中耳炎：中耳炎是中耳黏膜的炎症，婴儿可能会因为耳部疼痛而出现摇头的现象。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.保持适宜的睡眠环境，调整室内温度和湿度，选择柔软、舒适的被褥。
2.及时给婴儿补充维生素D和钙剂，多晒太阳，促进钙的吸收。
3.注意婴儿的皮肤护理，保持皮肤清洁干燥，避免过度摩擦。
4.如果怀疑婴儿有维生素D缺乏性佝偻病或其他疾病，应及时带婴儿到医院进行检查，明确诊断后进行相应的治疗。
5.如果婴儿有湿疹，应注意皮肤清洁，避免搔抓，可以在医生的指导下使用湿疹膏等药物治疗。
6.如果婴儿有中耳炎，应及时就医，在医生的指导下使用抗生素等药物治疗。
需要注意的是，如果婴儿睡觉时总是摇头，同时伴有其他异常表现，如哭闹、烦躁、睡眠不安、夜惊等，应及时带婴儿到医院就诊，以便明确诊断，采取相应的治疗措施。