膝盖下蹲时疼痛的原因可能有以下几点：
1.髌股关节紊乱：髌股关节是膝关节的重要组成部分，当髌股关节出现紊乱时，如髌骨软化、髌骨半脱位等，会导致膝盖在下蹲时疼痛。这种情况通常与运动过度、创伤、先天发育异常等有关。
2.半月板损伤：半月板是膝关节内的软骨结构，具有缓冲和稳定膝关节的作用。半月板损伤后，会在膝盖下蹲时出现疼痛，同时可能伴有弹响、交锁等症状。半月板损伤多由扭转外力引起，也可由退变、长期磨损导致。
3.膝关节滑膜炎：膝关节滑膜受到刺激后，会产生炎症，导致关节积液、肿胀和疼痛。下蹲时，膝关节的压力增加，会加重疼痛症状。滑膜炎可由感染、创伤、自身免疫性疾病等引起。
4.膝关节骨性关节炎：随着年龄的增长，膝关节会发生退行性改变，出现骨质增生、软骨磨损等。膝关节骨性关节炎会导致膝盖在活动时疼痛，下蹲时疼痛可能更为明显。
5.其他原因：韧带损伤、髌骨骨折、膝关节感染、肿瘤等也可能导致膝盖下蹲时疼痛。
需要注意的是，行走时不痛并不代表问题不严重。如果膝盖下蹲时疼痛持续不缓解或逐渐加重，建议及时就医，进行详细的检查，如X光、磁共振成像（MRI）等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。
在就医前，应注意休息，避免长时间下蹲、上下楼梯等活动，同时可以佩戴护膝，保护膝关节。如果疼痛严重，可以在医生的指导下使用非甾体抗炎药（如布洛芬、塞来昔布等）缓解疼痛。