三个月宝宝拉肚子，可能是正常的生理现象，也可能是由疾病引起的。如果宝宝拉肚子的同时，还伴有其他症状，如发热、呕吐、腹痛、精神萎靡等，应及时就医。以下是一些处理方法：
1.观察宝宝的症状：如果宝宝拉肚子的次数不多，精神状态良好，食欲正常，可以先观察一下，看看症状是否会自行缓解。
2.调整饮食：如果宝宝是母乳喂养，妈妈要注意自己的饮食，避免吃辛辣、油腻、生冷的食物。如果宝宝是人工喂养，可以适当减少奶量，或者将奶冲稀一些。
3.补充水分：宝宝拉肚子会导致水分流失，要及时补充水分，可以给宝宝喝一些白开水、口服补液盐等。
4.注意腹部保暖：宝宝的腹部要注意保暖，避免着凉。
5.服用药物：如果宝宝拉肚子的症状比较严重，可以在医生的指导下服用一些药物，如蒙脱石散、双歧杆菌四联活菌片等。
需要注意的是，以上方法仅供参考，如果宝宝拉肚子的症状持续时间较长或者加重，应及时就医。同时，要注意宝宝的个人卫生，经常洗手，保持餐具、玩具的清洁。