三个月宝宝喉咙有痰，可能是正常的生理现象，也可能是疾病引起的。以下是一些建议：
1.观察宝宝的情况：如果宝宝只是偶尔咳嗽，没有其他不适，精神状态良好，可能是正常的，不需要特殊处理。但如果宝宝咳嗽频繁，呼吸急促，或者出现发热、喘息等症状，需要及时就医。
2.保持室内空气湿润：可以使用加湿器增加室内空气湿度，有助于缓解喉咙的不适。
3.拍背排痰：将宝宝竖着抱起，空心掌由下往上，由外向内拍背，有助于痰液咳出。但要注意不要过度用力，以免损伤宝宝的肺部。
4.适当补充水分：可以给宝宝喂一些温水，有助于稀释痰液，促进排出。
5.就医治疗：如果宝宝的症状持续不缓解或者加重，需要及时就医。医生可能会根据宝宝的具体情况，给予相应的治疗，如药物治疗、雾化治疗等。
需要注意的是，三个月以下的宝宝咳嗽反射较弱，喉咙有痰时不容易咳出，容易导致痰液堵塞，引起呼吸困难。因此，如果宝宝出现喉咙有痰的情况，家长应密切观察宝宝的情况，如有异常应及时就医。同时，家长应避免带宝宝去人员密集的场所，注意保持宝宝的个人卫生，勤洗手，避免交叉感染。