扁桃体发炎多由病原微生物感染引起，主要病原体包括A组乙型溶血性链球菌等细菌，以及腺病毒等病毒。
一、细菌感染引发
A组乙型溶血性链球菌是常见的引发扁桃体细菌感染的病原体，这类细菌可通过空气飞沫等传播途径，进入人体后在扁桃体部位定植繁殖，从而引发炎症反应，导致扁桃体红肿、疼痛等发炎症状。
二、病毒感染导致
腺病毒是导致扁桃体病毒感染引发发炎的常见病毒之一，病毒可经呼吸道等途径侵入人体，在扁桃体细胞内复制，引起扁桃体的炎症病变，出现扁桃体发炎相关症状。
三、免疫力下降诱发
当人体免疫力下降时，比如过度劳累、营养不良、长期处于压力状态等情况，人体抵御病原微生物的能力减弱，原本存在于口腔等部位的条件致病菌或者入侵的病原微生物就更容易在扁桃体部位繁殖生长，引发扁桃体发炎。例如长期熬夜的人，身体免疫力降低，相对更容易患上扁桃体发炎。
四、环境因素影响
长期处于污染的环境中，空气中的有害颗粒、化学物质等刺激扁桃体，会增加扁桃体发炎的风险；另外，季节变化时，气温、湿度等环境因素的改变，也可能影响人体的免疫状态，从而诱发扁桃体发炎，像季节更替时气温骤变，人体适应不良就可能引发扁桃体发炎。