扁桃体发炎多由病原微生物感染引起，主要致病菌为A组乙型溶血性链球菌，病毒感染也可引发，另外，机体抵抗力下降时易受病原体侵袭而发病。
一、细菌感染引发
A组乙型溶血性链球菌是引发扁桃体发炎较常见的细菌病原体，当人体劳累、受冷等致抵抗力降低时，该细菌易侵入扁桃体，繁殖并引起炎症反应，导致扁桃体红肿、疼痛等发炎症状。
二、病毒感染导致
多种病毒可引起扁桃体发炎，如腺病毒、鼻病毒等。病毒入侵扁桃体后，会在局部大量复制，引发免疫反应，使扁桃体出现炎症表现，常见症状有扁桃体充血、肿胀等。
三、抵抗力因素影响
儿童及青少年由于免疫系统尚不完善，抵抗力相对较弱，较成年人更容易发生扁桃体发炎。而老年人随着年龄增长，身体各项机能衰退，抵抗力也会下降，同样易受病原体侵袭引发扁桃体发炎。长期熬夜、缺乏运动、营养不良等不良生活方式会使人体整体抵抗力降低，增加扁桃体发炎的风险。有扁桃体炎既往病史的人，扁桃体局部防御机能受损，再次接触病原体时更易发病。