三个月宝宝睡觉摇头晃脑揉眼睛，可能是正常的生理现象，也可能是由一些疾病引起的。以下是一些可能的原因和建议：
1.正常的生理现象：
宝宝的神经系统尚未完全发育成熟，可能会出现一些无意识的动作，如摇头、晃脑、揉眼睛等。
宝宝的皮肤娇嫩，可能会因为湿疹、痱子等原因感到瘙痒，从而通过摇头、揉眼睛来缓解不适。
宝宝可能是在浅睡眠状态，这个时候会出现一些小动作，如翻身、微笑、皱眉等，这是正常的生理现象。
2.可能的疾病：
湿疹：如果宝宝的脸上、头皮上有湿疹，可能会因为瘙痒而摇头、揉眼睛。湿疹会导致皮肤发红、脱屑、瘙痒，严重的还可能会出现渗出、结痂等症状。
中耳炎：如果宝宝有中耳炎，可能会因为耳部疼痛而摇头、揉眼睛。中耳炎还可能会导致宝宝发热、哭闹、听力下降等症状。
维生素D缺乏性佝偻病：如果宝宝缺乏维生素D，可能会导致神经兴奋性增高，出现多汗、摇头、擦枕、夜惊等症状。维生素D缺乏性佝偻病还可能会影响宝宝的骨骼发育，导致鸡胸、漏斗胸、O型腿、X型腿等畸形。
如果宝宝出现睡觉摇头晃脑揉眼睛的情况，可以先观察一下，如果宝宝的精神状态良好，没有其他异常表现，可以先不用处理。如果宝宝的症状持续不缓解，或者出现了其他异常表现，如发热、哭闹、呕吐、腹泻等，需要及时带宝宝去医院就诊，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。
此外，在日常生活中，家长可以注意以下几点：
保持宝宝的皮肤清洁干燥，勤洗澡、勤换衣服，避免湿疹的发生。
给宝宝选择宽松、柔软的衣服，避免摩擦皮肤。
如果宝宝有湿疹，可以在医生的指导下使用湿疹膏等药物进行治疗。
给宝宝补充维生素D和钙剂，预防维生素D缺乏性佝偻病的发生。
注意宝宝的耳部卫生，避免中耳炎的发生。
给宝宝创造一个安静、舒适的睡眠环境，有助于宝宝的睡眠。