三个月宝宝睡觉摇头晃脑揉眼睛，可能是正常的生理现象，也可能是由环境因素、皮肤问题、维生素D缺乏、耳部疾病等原因引起的。以下是一些可能的治疗方法：
1.调整环境：保持宝宝的卧室安静、舒适，温度适宜，避免过度刺激。
2.注意皮肤护理：及时清洁宝宝的面部，保持皮肤清洁干燥，避免湿疹等皮肤问题的发生。
3.补充维生素D：如果宝宝缺乏维生素D，可能会导致神经兴奋性增加，出现摇头晃脑、揉眼睛等症状。可以在医生的指导下，给宝宝补充维生素D。
4.检查耳部：耳部感染或其他耳部问题也可能引起宝宝摇头晃脑、揉眼睛。可以检查宝宝的耳部，如有需要，及时就医。
5.就医治疗：如果宝宝的症状持续不缓解或伴有其他异常，如哭闹、发热、呕吐等，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以便确定病因并采取相应的治疗措施。
需要注意的是，每个宝宝的情况都不同，如果对宝宝的症状感到担忧，最好咨询医生的意见。此外，在处理宝宝的睡眠问题时，应尽量避免使用安抚奶嘴、过度摇晃等可能对宝宝造成伤害的方法。