三个月宝宝睡觉摇头晃脑揉眼睛，可能是正常的生理现象，也可能与环境因素、维生素D缺乏、湿疹等有关。以下是一些建议：
1.观察宝宝的情况：如果宝宝除了摇头晃脑揉眼睛外，没有其他异常表现，精神状态良好，吃奶正常，生长发育正常，可能是正常的生理现象，不需要特殊处理。家长可以注意保持宝宝的睡眠环境舒适，温度适宜，避免过度刺激。
2.调整环境：如果宝宝的睡眠环境过热、过干燥，或者有噪音、强光等刺激，可能会导致宝宝不舒服，出现摇头晃脑揉眼睛的现象。家长可以调整宝宝的睡眠环境，保持适宜的温度和湿度，避免噪音和强光刺激。
3.补充维生素D：维生素D缺乏也可能导致宝宝出现摇头晃脑揉眼睛、多汗、夜惊等症状。家长可以带宝宝去医院检查维生素D水平，如果缺乏，需要在医生的指导下补充维生素D。
4.注意皮肤护理：如果宝宝有湿疹，也可能会出现瘙痒、不适，导致摇头晃脑揉眼睛。家长要注意宝宝的皮肤护理，保持皮肤清洁干燥，避免过度摩擦。可以在医生的指导下给宝宝使用湿疹膏等药物。
5.及时就医：如果宝宝除了摇头晃脑揉眼睛外，还伴有其他异常表现，如哭闹、烦躁、睡眠不安、吃奶差、体重不增等，或者症状持续不缓解，家长应及时带宝宝去医院就诊，明确原因，以便采取相应的治疗措施。
总之，三个月宝宝睡觉摇头晃脑揉眼睛可能是正常的生理现象，也可能与多种因素有关。家长需要密切观察宝宝的情况，如果有异常表现，应及时就医，以便早期诊断和治疗。同时，家长要注意保持宝宝的睡眠环境舒适，避免过度刺激，注意皮肤护理，及时补充维生素D，促进宝宝的健康成长。