三个月宝宝睡觉摇头晃脑揉眼睛，可能是正常的生理现象，也可能是由皮肤瘙痒、湿疹、维生素D缺乏性佝偻病等原因引起的。以下是一些可能的原因和建议：
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统和内耳平衡系统还在发育中，可能会出现一些不自主的动作，如摇头、晃脑、揉眼睛等。此外，宝宝的睡眠环境也可能影响其睡眠质量，如过热、过冷、过亮等。
2.皮肤瘙痒：如果宝宝的头部、面部或颈部皮肤有湿疹、痱子等，可能会导致皮肤瘙痒，从而引起摇头、晃脑、揉眼睛等动作。
3.湿疹：宝宝的皮肤娇嫩，如果护理不当，容易出现湿疹。湿疹会导致皮肤瘙痒，宝宝会通过摇头、晃脑、揉眼睛等方式来缓解瘙痒。
4.维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏性佝偻病会导致宝宝血钙降低，神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头、晃脑、夜惊、夜啼等症状。
5.其他：中耳炎、外耳道炎等耳部疾病，也可能导致宝宝出现摇头、晃脑、揉眼睛等症状。
如果宝宝除了睡觉摇头晃脑揉眼睛外，还伴有其他异常症状，如哭闹、烦躁、睡眠不安、夜惊、多汗等，或者这些症状持续时间较长，建议及时带宝宝就医，以便明确原因，并采取相应的治疗措施。
在日常生活中，家长可以注意以下几点，以帮助宝宝改善睡眠质量：
1.保持宝宝的皮肤清洁干燥，勤洗澡、勤换衣服。
2.给宝宝选择宽松、柔软、透气的衣物和床上用品。
3.保持宝宝的睡眠环境安静、舒适、温暖。
4.注意观察宝宝的睡眠情况，及时调整宝宝的睡眠姿势。
5.如果宝宝有湿疹等皮肤问题，应及时就医治疗。
6.按照医生的建议，给宝宝补充维生素D和钙剂。
总之，如果宝宝出现睡觉摇头晃脑揉眼睛的情况，家长应注意观察，并采取相应的措施。如果症状持续不缓解或伴有其他异常症状，应及时带宝宝就医，以便明确原因，并采取相应的治疗措施。