三个多月宝宝睡觉摇头晃脑揉眼睛可能有多种原因。首先要观察宝宝眼部是否有异常，比如是否有湿疹、炎症等。如果是因为头部出汗多导致瘙痒而摇头晃脑，要注意保持宝宝头部干爽，室温一般保持在22~26℃较为适宜。
环境因素影响
温度不适： 当室内温度过高或过低时，宝宝可能会通过摇头晃脑、揉眼睛来表达不适。比如室温超过28℃，宝宝会因为燥热而出现这些表现，这时候要适当调整室温至舒适范围。光线刺激： 过强的光线也可能让宝宝睡觉不踏实，出现摇头晃脑揉眼睛的情况。如果夜间灯光太亮，可使用柔和的夜灯，将光线调暗。
皮肤问题导致
头部湿疹： 宝宝头部如果长了湿疹，会有瘙痒感，就会通过摇头晃脑来摩擦头部缓解不适，同时可能会揉眼睛。这时候要保持宝宝头部清洁干燥，避免使用刺激性的洗护用品，可在医生指导下使用婴儿专用的湿疹膏。眼部不适： 宝宝眼部有湿疹、炎症等情况时，也会出现揉眼睛的表现，同时可能伴随摇头晃脑。要观察宝宝眼部是否有红肿、分泌物等情况，如有异常及时就医。
正常生理现象
神经系统发育： 三个多月的宝宝神经系统还在发育中，可能会出现一些不自主的动作，比如偶尔的摇头晃脑。这是正常的生理现象，一般随着宝宝月龄增长会逐渐改善。宝宝的神经系统在3~6个月处于快速发育阶段，这种情况无需过度担忧。自我安抚： 宝宝可能会通过摇头晃脑、揉眼睛来进行自我安抚，就像大一点的孩子会通过抱玩具等方式一样，这是宝宝成长过程中的一种常见行为表现。只要宝宝精神状态好，饮食正常，一般不需要特殊处理。