三个月宝宝睡觉摇头晃脑揉眼睛，可能是正常的生理现象，也可能与环境不适、皮肤问题、维生素D缺乏、湿疹等有关。以下是一些可能的原因和处理方法。
1.生理现象：
神经系统发育不完善：三个月的宝宝神经系统还没有完全发育成熟，可能会出现一些不自主动作，包括摇头晃脑、揉眼睛等。这是正常的生理现象，随着宝宝的成长，这些动作会逐渐减少。
浅睡眠状态：宝宝在浅睡眠时，可能会出现一些肢体动作和表情，这也是正常的。家长可以通过保持安静的睡眠环境、避免过度刺激等方式，帮助宝宝进入深睡眠。
2.环境不适：
温度过高或过低：宝宝的房间温度过高或过低，可能会让他们感到不舒服，从而出现摇头晃脑、揉眼睛等动作。家长可以根据天气情况和宝宝的需求，调整房间的温度和湿度。
噪音或光线刺激：噪音或光线刺激也可能影响宝宝的睡眠，导致他们出现摇头晃脑、揉眼睛等动作。家长可以保持房间安静、黑暗，为宝宝提供一个舒适的睡眠环境。
3.皮肤问题：
湿疹：湿疹是一种常见的皮肤炎症，可能会导致宝宝皮肤瘙痒，从而出现摇头晃脑、揉眼睛等动作。家长可以注意宝宝的皮肤清洁，保持皮肤干燥，避免过度摩擦。如果湿疹严重，建议咨询医生。
痱子：宝宝出汗过多，可能会导致痱子，引起皮肤瘙痒。家长可以保持宝宝皮肤清洁，及时更换衣物，避免过度包裹。
4.维生素D缺乏：
维生素D缺乏可能导致宝宝神经兴奋性增高，出现多汗、摇头晃脑、易惊、睡眠不安等症状。家长可以带宝宝进行户外活动，促进皮肤合成维生素D，或者在医生的指导下给宝宝补充维生素D制剂。
5.其他：
中耳炎：如果宝宝有中耳炎，可能会出现耳部疼痛，导致他们摇头晃脑、揉眼睛。家长可以观察宝宝的耳部是否有分泌物，如果有异常，建议及时就医。
过敏：宝宝对某些食物、环境或物质过敏，也可能出现过敏反应，包括皮肤瘙痒、眼部不适等。家长可以注意宝宝的饮食和生活环境，避免接触过敏原。
需要注意的是，如果宝宝摇头晃脑、揉眼睛的症状持续时间较长，或者伴有其他异常表现，如哭闹、烦躁、睡眠不安、发热等，建议及时就医，以便明确原因并进行相应的治疗。同时，家长在照顾宝宝时要细心观察，及时发现问题并采取适当的措施。