三个月宝宝睡觉摇头晃脑揉眼睛，可能是正常的生理现象，也可能与环境不适、维生素D缺乏性佝偻病等有关。以下是一些可能的原因和建议：
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统发育尚未完善，睡眠时可能会出现不自主的摇头晃脑、揉眼睛等动作。此外，宝宝的前庭功能也在发育中，可能会通过摇头来感受外界的刺激。这种情况通常不需要特殊处理，随着宝宝的成长会逐渐消失。
2.环境不适：如果宝宝睡眠的环境温度过高、过低，或者被褥过厚、过薄，都可能导致宝宝感觉不舒服，从而出现摇头晃脑、揉眼睛等动作。家长可以调整宝宝的睡眠环境，保持适宜的温度和湿度，选择合适的被褥，以提高宝宝的睡眠舒适度。
3.维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏性佝偻病是由于维生素D摄入不足或缺乏导致的钙磷代谢紊乱，从而影响骨骼发育。宝宝可能会出现多汗、夜惊、烦躁不安、摇头晃脑等症状。家长可以带宝宝去医院检查维生素D水平，如果确诊为维生素D缺乏性佝偻病，需要在医生的指导下补充维生素D和钙剂。
4.其他：中耳炎、外耳道湿疹等疾病也可能导致宝宝睡觉摇头晃脑揉眼睛。此外，宝宝如果有过敏体质，也可能会出现过敏反应，导致皮肤瘙痒，从而出现摇头晃脑、揉眼睛等症状。
总之，如果宝宝只是偶尔出现睡觉摇头晃脑揉眼睛的情况，家长可以先观察，调整宝宝的睡眠环境，看看是否能够缓解。如果宝宝频繁出现这种情况，或者伴有其他异常症状，建议及时带宝宝去医院就诊，以便明确原因，并采取相应的治疗措施。