脊髓亚急性联合变性，都在中年以后隐匿起病，男女并无明显的差异，成亚急性或者慢性的病程，逐渐的进展。在神经症状出现前多数患者出现贫血的表现，部分胃酸缺乏的患者合并轻度或严重的贫血，出现倦怠、乏力、心慌、头昏、腹泻、舌炎，以及水肿等，部分患者神经症状早于贫血。
神经症状常表现手指以及组织的对称性的感觉异常，比如刺痛、麻木，以及灼烧感，呈持续性。下肢较重，感觉异常，可向上延伸至躯干，少数患者有对称的手套、袜套样的感觉减退。
查体可见双下肢音叉振动觉，以及关节位置觉减退或消失，走路不稳，步态蹒跚，步基增宽、Romberg征阳性等，运动障碍通常较感觉障碍出现晚。
双下肢可呈不完全性的痉挛性截瘫。查体可见双下肢无力，肌张力增高，腱反射亢进，以及病理征阳性。约5%的患者会出现视神经萎缩，以及双侧的中心暗点，视力减退或失明。
少数患者会发生淡漠、嗜睡、激惹、猜疑、抑郁，以及情绪不稳等精神症状。