如果三个月没有来月经且没有怀孕，可能是由以下原因导致的：
1.多囊卵巢综合征：这是一种常见的激素紊乱疾病，常导致月经不规律、排卵问题和高雄激素水平。
2.高泌乳素血症：泌乳素水平升高可能抑制排卵，导致月经延迟或缺失。
3.甲状腺问题：甲状腺功能异常，无论是甲状腺功能亢进还是减退，都可能影响月经周期。
4.子宫内膜受损：如刮宫、流产或子宫内膜炎等，可能导致子宫内膜薄或受损，从而影响月经。
5.其他因素：生活方式改变（如过度运动、压力、体重波动）、长期服用某些药物（如抗抑郁药、避孕药）、慢性疾病（如糖尿病、自身免疫性疾病）等也可能影响月经。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要进一步的检查和评估。对于长期闭经的情况，建议及时就医，进行详细的身体检查和激素测定，以确定具体原因并采取相应的治疗措施。
此外，对于有性生活的女性，排除怀孕是非常重要的。如果已经排除了怀孕可能，但月经仍然不规律，应及时咨询医生。医生可能会建议进行以下检查和治疗：
1.妇科检查：包括盆腔超声、宫颈涂片等，以排除生殖系统的结构性问题。
2.激素检查：测定雌激素、孕激素、促卵泡激素、促黄体生成素等激素水平，评估卵巢功能。
3.其他检查：根据具体情况，可能还需要进行甲状腺功能检查、胰岛素抵抗检查等。
4.治疗方法：根据病因不同，治疗方法也有所差异。可能包括药物治疗、激素替代疗法、手术治疗等。
同时，保持健康的生活方式对于月经的正常调节也很重要。建议保持适当的体重、均衡饮食、减少压力、规律运动等。如果月经问题持续存在或伴有其他不适症状，应及时就医，以便获得准确的诊断和有效的治疗。
对于青春期少女和更年期女性，如果出现月经异常，也应及时就医，因为这些阶段的月经问题可能与生理变化有关，但也需要专业的评估和指导。
总之，三个月没来月经且没有怀孕是一个需要引起重视的问题，应及时寻求医生的帮助，进行详细的检查和诊断，并根据具体情况制定合适的治疗方案。