三个月宝宝睡觉摇头乱动，可能与以下原因有关。
1.正常的生理现象：三个月的宝宝神经系统发育还不完善，大脑皮层兴奋性低，睡眠时可能会出现摇头、四肢活动等情况，这是正常的生理现象，一般不需要特殊处理。
2.环境因素：如果宝宝睡眠的环境温度过高、过低，或者被褥过厚、过薄，都可能影响宝宝的睡眠，导致宝宝出现摇头、乱动等情况。家长可以调整宝宝的睡眠环境，保持适宜的温度和湿度，选择合适的被褥，以提高宝宝的睡眠质量。
3.维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏性佝偻病的宝宝，由于体内钙、磷代谢异常，会导致神经兴奋性增加，出现多汗、摇头、烦躁、睡眠不安等症状。家长可以带宝宝到医院进行维生素D和微量元素的检测，如果确诊为维生素D缺乏性佝偻病，需要在医生的指导下补充维生素D和钙剂。
4.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会导致瘙痒，使宝宝出现摇头、蹭头等动作。家长可以观察宝宝的头部是否有皮疹，如果有湿疹，可以在医生的指导下使用湿疹膏进行治疗。
5.中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳部疼痛、瘙痒等症状，也会导致宝宝出现摇头、哭闹等情况。家长可以观察宝宝的耳部是否有分泌物，如果有中耳炎，需要及时就医，在医生的指导下进行治疗。
6.其他：宝宝如果有鼻塞、呼吸道感染等情况，也会影响睡眠，导致宝宝出现摇头、乱动等情况。
总之，如果宝宝出现睡觉摇头乱动的情况，家长需要注意观察宝宝的其他表现，如有无多汗、烦躁、哭闹等，如果同时伴有其他异常情况，需要及时带宝宝到医院进行检查，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。